En 1999, el norteamericano Joe Brody pierde a su mujer luego del derrumbe de la planta nuclear japonesa donde ambos trabajaban. Quince años después, Joe, quien perdió toda su reputación por estar convencido de que el gobierno japonés ocultó evidencia del desastre del ¿99, es arrestado. Su hijo Ford, quien trabaja para el gobierno estadounidense desarmando bombas, viaja a Japón a sacar a su padre de la cárcel, y Joe lo convence de volver al lugar del desastre. Pronto aparecerá una criatura alada que se da en llamar MUTO, y el monstruo Godzilla será la única esperanza de la humanidad.

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